Pada zaman dahulu tempat ini disebut dengan peh cundi di Kali Angke.Karena pada tempat ini banyak muda mudi yang mendapatkan jooh di tempat ini maka di namailah Kaijodo.Dalam tradisi China, Peh Cun adalah tradisi yang diselenggarakan setiap hari 100 penanggalan imlek. Salah satu tradisi dalam perayaan Peh Cun adalah pesta air. Pesta air itu diikuti oleh muda-mudi laki-laki dan perempuan yang sama-sama menaiki perahu melintasi Kali Angke.Pada saat itu perahu akan berisi tiga sampai empat orang laki-laki atu perempuan.Di perahu tersebut laki-laki akan melihat ke arah perahu yg berisi perempuan.Jika seorang laki-laki suka dengan perempuan yang ada di perahu lainnya maka ia akan melempar kue yang bernama tiong cupia.Kue ini terbuat dari tepung terigu yang berisi kacang hijau.Bagi perempuan yang ditaksir jika ia senang ia akan melemparkan kue sejenis ke arah laki-laki yang menyukainya. Dari sinilah kemudian kawasan ini berubah menjadi Kalijodo karena menjadi kawasan untuk mencari jodoh.Berbeda dengan saat ini, di masa itu Kali Angke masih jernih. Itulah mengapa walau tradisi ini dilakukan oleh etnis Tionghoa, tetapi masyarakat umum tetap memadati Kali Angke untuk melihat perayaan tersebut.Tradisi Peh Cun dan Imlek sendiri tidak lagi dirayakan setelah tahun 1958 setelah pemerintah mengeluarkan aturan tentang hal tersebut. Aturan tersebut dibuat oleh Wali Kota Jakarta Sudiro yang menjabat diera 1953-1960.Walikota masa itu, jabatannya setara dengan gubernur di masa kini.
Kalijodo berkembang menjadi tempat perjudian ilegal tempat prostitusi liar sampai sekarang. Kalijodo selalu menjadi sasaran razia dan penertiban. Sebentar mereda seusai razia, kegiatan di kawasan ini kembali berjalan. Kalijodo kian menggeliat setelah lokalisasi Kramat Tunggak, Koja, Jakarta Utara, resmi ditutup pada Desember 1999.Kompas.comKalijodo tidak lagi dikenal sebagai tempat hiburan kelas bawah. Beragam kalangan datang ke sana untuk sekadar berkaraoke hingga bermalam dengan perempuan pekerja seks komersial.Berdasarkan data Kelurahan Pejagalan, Jakarta Utara, ada sekitar 50 kafe yang beroperasi di kawasan Kalijodo dan sekitar 150 PSK tinggal di sana. Namun, saat para PSK bekerja, jumlahnya bisa mencapai 500 orang.
Pada 2014 lalu, Komisi Nasional Hak Asasi Manusia membuat surat kepada Pemerintah Provinsi DKI Jakarta. Dalam surat itu, Komnas HAM menyatakan, permukiman warga itu tidak layak dijadikan lokasi prostitusi.Komnas HAM menilai lokalisasi di Kalijodo yang bercampur dengan pemukimam membahayakan mental dan pendidikan anak-anak. Menanggapi surat Komnas HAM, Sekretaris Daerah DKI Jakarta, Saefullah, dikutip Liputan 6, mengatakan akan menertibkan kawasan Kalijodo. Penertiban yag ditargetkan selesai pada Januari 2015 tak kunjung terwujud.
Pada tahun 2014 pada saat jokowi menjabat sebagai gubernur jakarta,ia pernah melakukan blusukan bersama wakil gubernur ke Kalijodo.Sejak saat itu muncul wacana penggusuran Kalijodo.
Pada hari senin tanggal 29 Februari 2016 ribuan pasukan gabungan yang terdiri dari kepolisian TNI dan Satpol PP melakukan penggusuran kawasan Kalijodo.Penggusuran ini di mulai pada pagi hari yang di kawal oleh ratusan polisi,untuk mengantisipasi perlawanan dari para penghuni kawasan tersebut.Alasan pengusuran ini adalah ingin mengembalikan kawasan tersebut kawasan hijau sebagaimana peruntukkannya.
Setelah penggusuran dilakukan,sebanyak 200 KK eks Kalijodo di pindahkan ke dusun Marunda.Unit pengelola rusun Marunda mengatakan pihaknya akan segera berkoordinasi dengan lurah dan camat untuk menyegerakan warga eks kalijodo mendapatkan KTP rusun.
Setelah kawasan Kalijodo rata dengan tanah pemerintah DKI berencana akan menjadikan kawasan ini sebagai Ruang Terbuka Hijau (RTH) yang mana nantinya tempat ini akan di tanami dengan beragam jenis pohon,pohon yang di tanam juga bukan sembarang pohon yaitu pohon dengan perakaran yang kuat dan tidak merusak konstruksi,tumbuh pada tanah padat,mengutamakan tanaman lokal dan budidaya. Beberapa jenis pohon tersebut,yang akan ditanami divegetasi RTH sepadan sungai yaitu jenis Flamboyan, Kecrutan, Nyamplung, Matoa dan Bintaro.Sedangkan untuk vegatasi ornamental antara lain Kamboja, Pohon Sosis, Tembusu, Ketapang Kencana, Mindi dan Pulai. Sementara untuk tanaman langka khas betawinya yaitu Jambu Bol, Maja, Matoa, Rukem dan Sawo Manila.
